شغل الفريق محمد زكي منصب قائد وحدات المظلات، وانتدب للعمل كقائد لوحدات الحرس الجمهوري فى عصر الرئيس المعزول محمد مرسي، وكان له دور كبير في 30 يونيو من العام 2013 حيث تولى حماية كافة القصور الرئاسية.
في يناير من العام 2017 صدّق الرئيس المصري عبدالفتاح السيسي، على ترقية اللواء أركان حرب محمد أحمد زكي، قائد الحرس الجمهوري، إلى رتبة فريق.
تولى زكي منصبه كقائد لقوات الحرس الجمهوري في 8 أغسطس 2012 وكان له دوره البارز في حماية إرادة المصريين في 30 يونيو من العام 2013 حيث تولى حماية كافة القصور الرئاسية، ومراكز القيادة، وقال جملته الشهيرة عندما دخل على الرئيس المعزول محمد مرسي ورفاقه من قادة جماعة الإخوان في قصر الرئاسة يوم 3 يوليو: “جئت أُنفذ إرادة الشعب الذي جاء بكم.. أنتم معتقلون”.
تحفظ اللواء محمد أحمد زكي على الرئيس المعزول، وكانت شهادته فيما بعد أمام النيابة لها دور كبير في توجيه الاتهام لمرسي في قضية قتل المتظاهرين، حيث أكد أن قوات الحرس الجمهوري رفضت تنفيذ أوامره بقتل المتظاهرين، وقال: “لن نعتدي على أبناء الشعب ولا نتوقع أن يعتدي المصريون على الحرس الجمهوري”.
وفي شهادته أمام المحكمة في قضيتي قتل المتظاهرين والتخابر، أكد محمد أحمد زكي أن مرسي أمره مرتين بإطلاق النار على المتظاهرين وفضّ الاعتصام أمام الاتحادية.
وأضاف أنه في حوالي الساعة الثانية فجر يوم 5 ديسمبر 2012 تلقى اتصالاً هاتفياً من مرسي يأمره بفض الاعتصام خلال ساعة واحدة بالقوة، فرفض تنفيذ الأمر ثم حاول الاتصال بمرسي بعد ذلك فلم يتمكن، فاتصل بأسعد الشيخة نائب رئيس ديوان رئيس الجمهورية، وطلب منه مهلة 24 ساعة لفض الاعتصام من دون عنف فأخبره الأخير بأنه اتصل بمرسي الذي أصدر أوامره بعدم وجود أي من المعتصمين عند حضوره صباحاً.
وفي صباح اليوم التالي كان معظم المعتصمين قد انصرفوا عدا مجموعة قليلة نصبوا 15 خيمة فحضر إليه الشيخة وطلب منه إخلاء المعتصمين، فرفض، فقرر الشيخة أن يكلف جماعته بالفض عصراً.
